فیلتر فن کویل یکی از قطعات اصلی فن کویل محسوب می شود که هم در فصل در گرمایش و هم در سرمایش نقش یکسانی دارد .
ساختار این فیلترها به گونه ای است که ابتدا ورق آلومنبوم به توسط دستگاه توری زنی تبدیل به شبکه های توری شده و به صورت چین خورده و تخت بر روی هم قرار داده می شوند. ترکیب چیدن این صفحات بر روی هم به صورتی است که در قسمت ورودی هوا شبکه ها بزرگ تر و بتدریج در آخرین مرحله ریزترین شبکه بر روی فیلتر قرار می گیرد. وجود این شبکه های ریز در فیلتر باعث می گردد تا ذرات معلق در فضا را به خود جذب نمایند .
محل استقرار این فیلتر ها در زیر الکتروموتور است وجود نشیمنگاه خاص در دیواره های بغلی داخلی فن کویل باعث می گردد که این فیلتر به راحتی از فنکویل جدا شده و برای شستشو آماده گردد .
رجوع شود به اموزش شستشوی فیلتر.
فیلتر های کثیف تاثیر بسزایی در کاسته شدن cfm دارند در واقع وجود یک فیلتر کثیف درفن کویل در جا به جایی هوای مطبوع ممانعت به عمل می آورد.